Как только завершилось завоевание древнекитайских царств Цинь Ши-хуанди провел ряд мероприятий, направленных на внутреннее укрепление и централизацию империи. В масштабе всей империи были проведены административная, аграрная, финансовая и военная реформы по образцу реформ Шан Яна в царстве Цинь.

Цинь Ши-хуанди начал с уничтожения границ прежних царств. Раньше жители каждого царства называли себя именем своего царства, восходящим, по-видимому, еще к племенным названиям, например циньцы, чжаосцы и т. д. Теперь по приказу Цинь Ши-хуанди жители Циньской империи стали называться “черноголовыми” — хэшоу. Циньская империя была разделена на 36 областей — цзюнь (после завоеваний на юге Китая здесь было создано еще 4 области), подразделявшихся на уезды — сянь. Во главе каждой области стояли два управителя — представители гражданской и военной власти, назначаемые из столицы. В основу организации системы государственного управления были положены принципы учения фацзя. Все чиновники должны были руководствоваться твердо установленными едиными законами. Для наблюдения за действиями государственного аппарата назначались особые чиновники — инспектора — цзяньюйши, которые рассылались по всей империи, но подчинялись только самому Цинь Ши-хуанди.

Введенные при Цинь Ши-хуанди, по примеру Шан Яна, чрезвычайно жестокие законы сурово карали за малейшие проступки. Многие преступления наказывались мучительными казнями: отрезанием носа, разрубанием колен, вырыванием ребер. Обезглавливание было наиболее легким видом смертной казни. Существовали такие наказания, как разрубание пополам, разрывание колесницами, захоронение заживо, разрубание по частям и др. Особенно серьезные преступления карались казнью не только самого виновного, но и всех его родственников в трех поколениях.

Прежняя аристократия завоеванных Цинь Ши-хуанди царств была поставлена под строжайший надзор имперских чиновников. Согласно данным источников, в 220 г. до н. э. 120 тыс. аристократических семей из числа наиболее богатых и знатных были насильно переселены в столицу империи — город Сяньян, где они находились под постоянным контролем соглядатаев императорского двора. Все те, кто противился мероприятиям императора, подвергались мучительной смертной казни, а члены их семей обращались в государственных рабов.

Прежние аристократические титулы были уничтожены. Критерием знатности стали отныне богатство и государственные заслуги.

С целью ослабления своих внутренних врагов Цинь Ши-хуанди приказал отобрать все оружие у частных лиц и перелить его в бронзовые колокола. Эта мера должна была обезоружить представителей прежних царских и аристократических родов и пресечь возможность их мятежей. С этой же целью были разрушены все крупные укрепления внутри Китая, которые могли представлять для Циньской империи серьезную опасность в случае восстаний.

Для того чтобы связать столицу со всеми областями государства, Цинь Ши-хуанди приказал сооружать дороги и транспортные каналы. Для сохранения дорог были унифицированы оси телег, так как повозки с длинными осями выходили из колеи и портили дороги, проведенные в мягкой лессовой почве. Были введены единые для всей империи меры веса, длины и емкости и проведена денежная реформа, установившая единую монету. Все эти мероприятия способствовали развитию торговли в Циньской империи. Как отмечает историк Бань Гу, с этого времени жемчуг, яшма, черепаховые щитки, каури, серебро и олово перестали использоваться как средство обмена, в качестве денег теперь стали употребляться только золотые слитки и единообразная медная монета.

Деятельность Цинь Ши-хуанди коснулась и письменности. По его приказу было установлено единообразное для всей страны письмо. До образования Циньской империи не существовало единой формы письменных знаков, в различных частях древнего Китая иероглифы писались по-разному. Новое письмо получило название сяо-чжуань (малое упрощенное письмо). Это циньское письмо послужило основой современной китайской письменности.